Александр Иванович Агафонов родился в 1936 году в Новосергиевке Оренбургской области. Окончил художественное училище им. М. Б. Грекова (г. Ростов-на-Дону), архитектурное отделение Целиноградского сельскохозяйственного иститута (ныне государственный агротехнический университет г. Астаны, Казахстан). Работал начальником главного управления архитектуры и градостроительства, главным архитектором Оренбурга (1980–1990 ). Председатель регионального отделения Союза архитекторов России (1980–1992 и 1999–2012). Заслуженный архитектор РФ. Живёт в Оренбурге.